با وجود مزایای بالا، پیاز زعفران درشت معایب خاص خود را دارد. مهم‌ترین مشکل، قیمت بالای آن است. چون تولید و عرضه پیازهای درشت زمان‌برتر است و نیاز به شرایط نگهداری بهتری دارد، قیمت آن در بازار معمولاً دو تا سه برابر پیازهای ریزتر یا متوسط است. برای بسیاری از کشاورزان تازه‌کار یا کسانی که بودجه محدودی دارند، این هزینه اولیه ممکن است به‌صرفه نباشد.

از طرف دیگر، پیاز زعفران درشت معمولاً عمر اقتصادی کوتاه‌تری دارد. به‌عبارت دیگر، گرچه در سال اول عملکرد خوبی از خود نشان می‌دهد اما در سال‌های بعدی معمولاً زودتر کوچک شده و نیاز به جایگزینی پیدا می‌کند. این در حالی است که پیازهای متوسط معمولاً پایداری بیشتری داشته و می‌توانند برای چندین سال پی‌درپی استفاده شوند.

همچنین باید در نظر داشت که پیازهای درشت به‌دلیل حجم بیشتر، حساسیت بالاتری نسبت به پوسیدگی دارند. اگر در مرحله ضدعفونی یا انبارداری اشتباهی صورت گیرد، ممکن است بخش عمده‌ای از پیازهای خریداری‌شده از بین برود.

برای نمونه، در سال ۱۴۰۲ بیش از ۲۰ درصد پیازهای درشت عرضه‌شده در برخی از مناطق جنوبی خراسان به‌دلیل شرایط نگهداری نادرست دچار پوسیدگی شدند، در حالی که این رقم برای پیازهای متوسط تنها ۸ درصد بود.