اجرای درست زردآب اهمیت زیادی دارد چون این آبیاری سرنوشت عملکرد زعفران را تا حد زیادی تعیین می‌کند. در روش سنتی، آب از طریق جوی‌ها به‌صورت سطحی به زمین هدایت می‌شود اما در سال‌های اخیر روش‌های نوین مانند آبیاری قطره‌ای کنترل‌شده هم مورد توجه قرار گرفته‌اند.

مراحل اجرای اصولی زردآب زعفران عبارت‌اند از:

1. پاکسازی زمین و شیارزنی: قبل از آبیاری، سطح خاک باید عاری از علف‌های هرز و کلوخ باشد.
2. آبیاری کامل: آب باید به‌طور یکنواخت تمام نقاط زمین را پوشش دهد.
3. عدم تکرار سریع آبیاری: بعد از زردآب، زمین نباید بلافاصله دوباره آبیاری شود؛ فاصله حداقل ۱۵ تا ۲۰ روز نیاز است.
4. استفاده از کود حیوانی پوسیده: اگر در زمان شخم قبل از زردآب از کود استفاده شود، مواد غذایی به‌راحتی در دسترس پیازها قرار می‌گیرد.

در زمین‌هایی با شیب زیاد یا بافت سبک، بهتر است آبیاری در چند مرحله و با حجم کم انجام شود تا نفوذ آب به عمق خاک به‌صورت یکنواخت انجام گیرد.