کشت زعفران در برخی مناطق ایران به دلایل اقلیمی و زیست‌ محیطی با محدودیت یا ممنوعیت مواجه است. استان ‌های شمالی مانند گیلان و مازندران به دلیل رطوبت بالای هوا و بارندگی زیاد برای کشت زعفران مناسب نیستند، چرا که رطوبت زیاد موجب پوسیدگی پیازهای زعفران می‌شود. همچنین در مناطق گرم و مرطوب جنوبی مانند استان ‌های بوشهر و هرمزگان نیز به دلیل گرما شدید و رطوبت بالا، کشت زعفران امکان‌پذیر نیست. در مناطق سردسیر مانند: آذربایجان غربی و شرقی یا کردستان که زمستان ‌های بسیار سرد و یخبندان‌ های طولانی دارند، پیاز زعفران قادر به تحمل سرماشدید نبوده و از بین می‌رود. علاوه بر این، در مناطقی که با بحران آب مواجه هستند مانند برخی دشت‌ های استان ‌های اصفهان، خراسان جنوبی و کرمان، کشت زعفران به دلیل نیاز آبی نسبتا بالا ممنوع شده است.