یکی از عوامل مهمی که بر غلظت پیکروکروسین در زعفران تأثیر می‌گذارد، نحوه فرآوری زعفران پس از برداشت است. از لحظه‌ای که کلاله‌های زعفران از گل جدا می‌شوند، ترکیبات شیمیایی حساس آن‌ها شروع به واکنش می‌کنند. اگر فرآیند خشک‌کردن با دقت انجام نشود، میزان زیادی از پیکروکروسین ممکن است تجزیه شود و از بین برود.

به‌طور معمول، زعفران‌هایی که با روش خشک‌کردن با هوای گرم و کنترل‌شده فرآوری می‌شوند، مقدار بیشتری پیکروکروسین را در خود حفظ می‌کنند. در مقابل، زعفران‌هایی که با نور آفتاب مستقیم یا دمای بیش از حد خشک می‌شوند، بخشی از این ترکیب ارزشمند را از دست می‌دهند.

در مزرعه‌های حرفه‌ای مانند پیازعفران، زعفران‌ها در اتاق‌های با تهویه مناسب و دمای کنترل‌شده خشک می‌شوند تا حداکثر کیفیت و ماندگاری ترکیبات موثر آن حفظ شود.